Se cree que el hexágono se forma en zonas donde hay grandes diferencias en la velocidad latitudinal de los vientos atmosféricos de Saturno. Se crearon formas similares en laboratorio al hacer que un tanque circular de líquido rotase a distinta velocidad en el centro y la periferia. Se consiguieron todo tipo de formas entre triangular y octogonal, si bien se observó que la forma más común era un hexágono. Las formas poligonales no se producen en fronteras turbulentas cuando los parámetros de viscosidad y diferencial de velocidad no superan cierto valor límite, de modo que no están presentes en otros sitios de características similares, tales como el polo sur del propio Saturno o los polos de Júpiter.

Como no es de extrañar, al poco de descubrirse el hexágono, muchos ufólogos dieron su propia explicación del fenómeno: una prueba incuestionable de la existencia de extraterrestres.